CIENCIA APARTE

Así funciona la PCR de saliva por pooling

Esta optimización de las PCR permite la recogida autónoma de muestra, se necesita 1 ml de saliva, se entrega en una farmacia y el resultado está disponible en 24-72 horas.

PCR de saliva por pooling | Archivo
  Madrid | 21/04/2021

La necesidad de realizar test masivos, sumado a la escasez de reactivos para hacer PCR que empezamos a sufrir a mediados de 2020, dio como resultado una ingeniosa manera de procesar al mismo tiempo decenas de muestras. Las primeras pruebas se realizaron en mayo del año pasado en Galicia lideradas por el Hospital Álvaro Cunqueiro de Vigo. La técnica se llama pooling, pool testing o análisis por agrupación, y es una optimización de las PCR. La novedad es que esta técnica permite la recogida autónoma de muestra: un mililitro de saliva es suficiente, se entrega en una farmacia y el resultado está disponible en 24-72 horas. Es lo que de momento tenemos en España que más se le parece a un test de autodiagnóstico.

Test, test, test para detectar a los más contagiosos

Las personas que más contribuyen a la transmisión del virus son aquellas que poseen más copias del virus en su cuerpo (más carga viral). En general, se considera que el período infeccioso termina a los 10 días posteriores al inicio de los síntomas, cuando el virus pierde su capacidad de replicación. Pero recientemente se ha confirmado que también hay asintomáticos con alta carga viral que estarían actuando como contagiadores silenciosos. Los cribados y la realización sistemática de test son clave para detectarlos y cortar las cadenas de transmisión.

Hay dos técnicas que permiten detectar el coronavirus en el cuerpo: PCR y test de antígenos. La PCR detecta el material genético que el virus alberga en su interior, y los test de antígenos detectan las proteínas que el virus tiene en su superficie. Las dos técnicas son muy sensibles a cargas virales altas, así que ambas sirven para detectar a los más contagiosos.

Un positivo en un test de antígenos significa que con una probabilidad de casi el 100% la persona está infectada y se encuentra en la fase más contagiosa, incluso aunque no presente síntomas. Un positivo en PCR significa que con una probabilidad de casi el 100% la persona aloja virus en su organismo, pero para saber si es potencialmente contagiosa habría que tener en cuenta otros factores: el umbral de ciclo (Ct) de la PCR y si los virus son viables en cultivo.

Qué es el umbral de ciclo de la PCR

La PCR es una técnica de amplificación de material genético. Esto significa que si en la muestra hay una secuencia específica del material genético del virus, la PCR (reacción en cadena de la polimerasa) hará varios ciclos de copias hasta llegar a una cantidad detectable. Así, el umbral de ciclo (Ct) es la cantidad mínima de ciclos necesaria para alcanzar un nivel de copias detectable. Aunque la Ct no es una medida directa de la carga viral, en términos generales puede decirse que menor Ct implica mayor carga viral. Por eso es aconsejable presentar el resultado de la PCR acompañado del valor de Ct.

El problema de las PCR es que si se hacen ciclos suficientes pueden dar positivo hasta 80 días después de la infección. En la mayoría de los casos son falsos positivos, pues lo que se detecta son restos de material genético de virus no viables. Por eso lo que se está estudiando es si el Ct es un buen marcador del tiempo transcurrido tras la infección, sobre todo en asintomáticos, ya que la fecha de infección es desconocida. La evidencia científica actual es que el Ct no es un buen marcador: el Ct es tan voluble que no permite establecer una fecha de contagio.

Ahora mismo la pregunta es: ¿Una PCR positiva con Ct ≥ 35 significa que esa persona ya no es contagiosa? La respuesta a esta cuestión es difícil y todavía no hay consenso. El problema es que no todos los laboratorios trabajan con las mismas variaciones en el valor de Ct, es decir, no hay un estándar internacional, ni siquiera dentro de un mismo laboratorio. Hay métodos de extracción de material genético del virus más eficientes que dan valores más bajos de Ct, los volúmenes de extracción más altos pueden producir valores de Ct más bajos, ciertas dianas genéticas producen valores de Ct diferentes, y algunos ensayos realizan una etapa de preamplificación produciendo valores de Ct más bajos en comparación con otros. Esto significa que los valores de Ct no son comparables entre sí porque dependen de cómo se haga la PCR.

Así que de momento el Ct no debe usarse como marcador absoluto para descartar la infectividad. Cuanto menor sea el Ct, más probable es que esa persona sea contagiosa, pero no se puede afirmar que una persona con una PCR positiva con Ct ≥ 35 no es contagiosa.

Qué es el pool testing

El pool testing consiste en mezclar en una sola muestra las extracciones obtenidas de varias personas. Se hace una PCR a la muestra conjunta y, si resulta negativa, se entiende que todos están libres de coronavirus. Si resulta positiva, hay que hacer la prueba individualmente a cada uno. Si la proporción de infectados es baja, se parte de un valor predictivo negativo. Esto permite analizar decenas de muestras con una sola PCR, lo que ahorra tiempo, reactivos y recursos en general.

A priori parecería que cuanto mayor sea el número de integrantes de cada grupo cuyas extracciones se mezclan, menor coste de la operación. Sin embargo, si se detecta dentro de ese grupo un caso positivo, habrá que hacer más test individuales. Por otra parte, cuanto mayor sea el número de integrantes de grupos, más diluidos estarán los virus. Si resulta que en una muestra de 50 individuos solo uno tiene el virus, la carga viral de la muestra será mínima, ¿eso puede detectarlo una PCR? ¿Con qué fiabilidad?

Un estudio científico preliminar israelí sugiere muestras de entre 32 y 64 individuos, pero hay casos prácticos con grupos de 30 (residencias en Alemania) y 25 (inmigrantes y viajeros en India). En este trabajo de Nueva York se sugiere 13 como número ideal (aunque en este caso es una simulación, no un ejercicio real).

Para resolver este conflicto se desarrolló un algoritmo que permite calcular el tamaño del grupo que se puede testar sin perder sensibilidad dependiendo de la incidencia media. Por ejemplo, en el Hospital Cunqueiro de Vigo se están analizando muestras grupales de hasta 64 individuos. Haciendo 2000 PCR diarias (se multiplica 2000 por 64) dan la posibilidad de llegar a 128.000 determinaciones al día.

La idea de agrupar muestras para optimizar las PCR no es nueva. Se utilizó por primera vez para detectar sífilis durante la II Guerra Mundial y en los años 80 con el VIH. Es una técnica habitual en veterinaria y se usa para analizar muestras de bancos de sangre.

Cómo es la toma de muestra

La toma de muestra se puede realizar de forma autónoma, ya que consiste en escupir dentro de un tubo hasta completar 1 ml de saliva. Debe hacerse a primera hora de la mañana, en ayunas y sin lavarse los dientes. Es mucho más sencillo que el hisopo nasofaríngeo habitual.

En Galicia se está haciendo uso de la red de farmacias para distribuir los kits de muestreo y recoger las muestras que se llevan a analizar por pooling en el laboratorio correspondiente.

Los requisitos previos son no presentar síntomas, no haber dado positivo en los últimos tres meses y firmar un consentimiento informado. En 24-72 horas el paciente recibe el resultado. En caso de dar positivo, el diagnóstico se confirma mediante PCR individual con toma de muestra por hisopo nasofaríngeo.

La PCR saliva por pooling que se está realizando en Galicia es voluntaria y gratuita, por eso es lo más parecido a un test de autodiagnóstico. Permite detectar forma ágil y autónoma a los infectados, ayudando a cortar las vías de transmisión. Pero cuidado, un resultado negativo no es una carta blanca para saltarse las normas. Esto tiene que quedar claro. Hay que seguir cumpliendo las medidas sanitarias (mascarilla, higiene, distancia y ventilación) porque el resultado de la prueba es una instantánea, no garantiza que no se haya producido una infección minutos después de la toma de muestra. De ahí la importancia de realizar test de forma continua.

Los mas vistos