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13 PATRONES GENÓMICOS
Investigadores del IRB Barcelona han descubierto patrones inesperados en los riesgos de mutación entre individuos, revelando 13 patrones genómicos distintos. El estudio aporta información crucial sobre la evolución del cáncer.
Las mutaciones, que ocurren constantemente en cada célula de nuestro cuerpo, son un factor clave que contribuye al cáncer, al envejecimiento y a la neurodegeneración. Si bien la exposición a ciertas sustancias químicas o errores en los procesos celulares durante la replicación del ADN contribuyen a ellas, la distribución exacta y los patrones a lo largo de los cromosomas humanos han sido un misterio hasta ahora.
Un estudio realizado por Fran Supek, investigador ICREA y jefe del Laboratorio de Ciencia de Datos del Genoma del IRB Barcelona, y Marina Salvadores, estudiante de doctorado en el mismo grupo, revela patrones inesperados que diferencian a los individuos en términos de riesgos de mutación.
En trabajos anteriores ya se identificó una especie de corrector ortográfico genómico: un mecanismo de reparación del ADN que dirige la atención a partes esenciales de los cromosomas humanos, reduciendo los riesgos de mutación. Con estos resultados, la nueva investigación tuvo como objetivo desentrañar si los individuos presentan diversos riesgos y, de ser así, qué mecanismos impulsan estas diferencias.
"No solo se amplía nuestra comprensión acerca de los factores que influyen en la distribución de la tasa de mutación, sino que además tiene importantes implicaciones para la comprensión de la evolución del cáncer, las estrategias terapéuticas y los avances en la medicina regenerativa", explica Supek.
Para abordar estas cuestiones, los investigadores realizaron un análisis exhaustivo de las secuencias del genoma de más de 4.000 tumores procedentes de diversos órganos. A diferencia de estudios anteriores, que se centraban en los riesgos de mutación específicos de los tejidos, este trabajo se centró específicamente en las diferencias entre individuos en función de la susceptibilidad a las mutaciones.
El equipo utilizó algoritmos de aprendizaje automático para identificar patrones recurrentes en los segmentos cromosómicos. Así descubrieron 13 patrones distintos, 10 de los cuales corresponden a diferentes tipos de tejido.
Los tres patrones restantes, inesperadamente, se observaron en casi todos los tejidos humanos, lo que revela que la densidad de mutaciones en genes específicos varía significativamente entre individuos.
Para comprender los patrones inesperados, los investigadores examinaron datos adicionales, entre ellos, la expresión y las aberraciones genéticas de las células cancerosas.
El equipo utilizó algoritmos de aprendizaje automático para identificar patrones recurrentes en los segmentos cromosómicos. Así descubrieron 13 patrones distintos, 10 de los cuales corresponden a diferentes tipos de tejido
El análisis reveló una correlación sorprendente entre una mayor proliferación celular y alteraciones en los riesgos de mutación. Se identificaron disrupciones en dos genes supresores de tumores esenciales: TP53 y RB1 (conocidos por regular el ciclo de división celular), como factores clave de las variaciones en los riesgos de mutación de los cromosomas.
Estos segmentos cromosómicos no solo presentaban riesgos de mutación alterados, sino también una ‘remodelación’ de grandes regiones cromosómicas que normalmente son inactivas. "Esta remodelación, correlacionada con una mayor proliferación celular, reflejó los cambios en los riesgos de mutación, lo que aporta una visión única acerca de la interacción entre las mutaciones y las alteraciones epigenéticas", detalla Salvadores.
Al identificar qué genes causantes de cáncer se ven más afectados por los cambios en el riesgo de mutación entre individuos, los investigadores han proporcionado una hoja de ruta para anticipar la trayectoria de la evolución del cáncer.
Este conocimiento resulta especialmente relevante para predecir las respuestas a las terapias del cáncer, ya que puede ayudar a prever el desarrollo de mutaciones de resistencia a los medicamentos.
El estudio también aporta información valiosa sobre la epigenética de las células humanas, y destaca el hecho de que el epigenoma sufre cambios drásticos en respuesta a una proliferación celular aumentada o alterada. Este conocimiento tiene potenciales implicaciones para la reprogramación celular y la medicina regenerativa, lo que abre nuevas vías para futuras investigaciones e intervenciones terapéuticas.
Referencia:
Marina Salvadores & Fran Supek. "Cell cycle gene alterations associate with a redistribution of mutation risk across chromosomal domains in human cancers". Nature Cancer (2024)
Este proyecto de investigación ha obtenido financiación del ERC (European Research Council) y del Ministerio de Ciencia e Innovación de España.